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Covid-19: scoperta di un gene misteriosamente nascosto nel virus

Un team internazionale di ricercatori ha appena scoperto un misterioso gene nel codice genetico del coronavirus SARS-CoV-2, un segmento virtualmente nascosto nel genoma del virus e in gran parte ignorato finora. Questo gene sconosciuto potrebbe spiegare perché il virus è così difficile da combattere. Questa scoperta è stata oggetto di una pubblicazione peer-reviewed due giorni fa (10 novembre) sulla rivista scientifica eLife.

Il gene appena identificato - chiamato ORF3d - è un esempio di ciò che i genetisti chiamano un gene di sovrapposizione a causa di come si sovrappone a sequenze codificate di altri geni. È una sorta di “gene in un gene” che è effettivamente nascosto in una catena di nucleotidi: «In termini di dimensioni del genoma, SARS-CoV-2 e i suoi simili, sono tra i virus a RNA più lunghi esistenti - afferma il bioinformatico Chase Nelson dell'American Museum of Natural History, 1) coautore della ricerca - Sono quindi forse più inclini “all'inganno genomico” rispetto ad altri virus a RNA». I virus sono in realtà abbastanza inclini a ospitare geni sovrapposti, quindi non è davvero una scoperta scioccante. Resta da vedere se ORF3d rappresenti davvero un inganno genomico destinato a rendere il virus più difficile da combattere.

I geni sovrapposti (overlapping gene) sono difficili da identificare nelle sequenze genetiche, poiché i sistemi di scansione genomica possono spesso non vederli quando attraversano stringhe di codice genetico: programmati per rilevare singoli geni, non vedono necessariamente le istruzioni globali condivise tra i nucleotidi dei geni adiacenti in una sequenza.

Nel contesto di un virus come SARS-CoV-2, questo potrebbe essere un grave punto cieco. Dall'inizio dell'anno, gli scienziati hanno cercato di scoprire il più possibile su questo virus, compresi alcuni aspetti del suo corredo genetico che non sono stati ancora chiariti (in particolare se sia stato creato o meno in laboratorio).

«La sovrapposizione genica può far parte dell'arsenale dei mezzi con cui i coronavirus si sono evoluti per replicarsi efficacemente, contrastare l'immunità dell'ospite o essere trasmessi - spiega Chase Nelson - Per quanto riguarda ORF3d, c'è ancora molto da imparare sul suo scopo: perché e come si nasconde nel genoma e si sovrappone ad altri geni».

Esplorando i database genomici, i ricercatori hanno scoperto che il gene era già stato identificato, ma solo in una variante del coronavirus che colpisce i pangolini (trovata nel Guangxi, in Cina). In precedenza era anche erroneamente classificato come un gene non correlato, ORF3b - che è presente in altri coronavirus, incluso SARS-CoV - ma gli scienziati nell'articolo pubblicato su “eLife” ritengono che non sia davvero lo stesso. «I due geni non sono correlati e codificano per proteine ​​completamente diverse - spiega il professor Nelson - Ciò significa che la conoscenza di ORF3b da SARS-CoV non deve essere applicata a ORF3d da SARS-CoV-2. Chiaramente, questo gene che era assente nell'originale SARS-CoV - che ha causato un'epidemia fatale tra il 2002 e il 2004 - potrebbe spiegare perché il nuovo coronavirus è così efficace nel diffondersi tra gli esseri umani rispetto al suo predecessore».

Questo dà spunti di riflessione. Sulla base di precedenti esami del sangue in pazienti umani con COVID-19, risulta che ORF3d provoca una forte risposta anticorpale. «Ciò dimostra che la proteina per questo nuovo gene “misterioso” è prodotta quando SARS-CoV-2 infetta gli esseri umani. Sul fatto che i linfociti T siano anch'essi innescati, o quali altri bersagli virali potrebbe avere ORF3d, siamo ancora all'oscuro. Potrebbe essere relativamente benigno. Ma potrebbe anche non esserlo. Non conosciamo ancora la sua funzione o il significato clinico», ha affermato Chase Nelson.

Una cosa è certa: in un virus che ha solo circa 15 geni noti, la scoperta di un altro gene - per non parlare di un gene sovrapposto - è un evento importante. Soprattutto da quando centinaia di team in tutto il mondo hanno esaminato per mesi il genoma del coronavirus senza aver rilevato questo misterioso gene. Nella fase della “pandemia” in cui ci troviamo, questo dà spunti di riflessione, perché questo gene nascosto potrebbe essere un punto cieco che comporta importanti conseguenze per il trattamento dei pazienti e lo sviluppo di vaccini. Questo «ci mette nel pericolo di trascurare aspetti importanti della biologia virale», ha concluso Chase Nelson. Ma, per il momento, nessuno lo sa per certo.

12 novembre 2020
Redazione di Extrapedia


1)
La ricerca ha coinvolto i colleghi dell'Università Tecnica di Monaco (Germania), quelli del Centro di ricerca sulla biodiversità dell'Accademia Sinica di Taiwan, del Dipartimento di Scienze Patobiologiche dell'Università del Wisconsin-Madison e dei Dipartimenti di informatica, genetica umana e medicina computazionale dell'Università della California di Los Angeles
db/covid-19_scoperta_di_un_gene_misteriosamente_nascosto_nel_virus.txt · Ultima modifica: 03/03/2021 09:50 da @Staff R.